El CQAB como centro público de investigación se compromete a desarrollar sus proyectos y servicios teniendo como referente los principios de la química verde y el compromiso hacia la química sostenible. Esto se refleja en el diseño de sus instalaciones de investigación, en la implementación de normativas seguridad exigentes y prácticas medioambientales avanzadas, en la concienzación del personal investigador y de apoyo en el cumplimiento de las reglamentaciones y en su formación en las metodologías y técnicas sintéticas eficientes desde el punto de vista de la sostenibilidad para que conceptos como la catálisis, la economía atómica, el uso de disolventes, la minimización de residuos, etc. se incorporen en los procesos de síntesis convencionales y escalado.