En los laboratorios de la Planta Piloto de Química Fina se llevan a cabo los proyectos de síntesis orgánica que incluyen la obtención de compuestos a diversas escalas (desde mg hasta Kg), integrando en las rutas sintéticas procedimientos y tecnologias "verdes". Se detallan las actividades más representativas realizadas en los últimos 21 años. 

• Síntesis y desarrollo de nuevos fármacos y moléculas de alto valor añadido.
• Métodos mejorados para la síntesis de fármacos genéricos.
• Síntesis de lotes piloto de fármacos en desarrollo, para uso preclínico.
• Síntesis de productos e intermedios orgánicos no comerciales, hasta la escala de kilolab.
• Optimización de cabezas de serie.
• Escalado de procesos y productos.
• Síntesis de impurezas, productos de degradación y metabolitos de APIs y medicamentos. 
• Síntesis de materiales poliméricos.
• Síntesis de péptidos.
• Sintesis de compuestos organometalicos.
• Síntesis total de productos naturales bioactivos.
• Integración de tecnologías "verdes" en la producción química industrial.
• Preparación de Drug Master File.